| 名称 | 所在地 | 認証取消年月日 |
| 特定非営利活動法人COMPASS | 湖南市柑子袋1067番地1 | 2013年9月6日 |
| 特定非営利活動法人げんきだして | 草津市野路1丁目17番地の4-1509 | 2013年11月23日 |
| 特定非営利活動法人プラの会 | 大津市園城寺町33番地 | 2013年11月23日 |
| 特定非営利活動法人滋賀県総合調査業協会 | 野洲市小篠原826番地12号3-30 | 2013年11月27日 |
| 特定非営利活動法人モンゴル国際親善協会 | 大津市末広町4番35号 | 2013年11月28日 |
| 特定非営利活動法人REVIVE | 彦根市京町二丁目4番40-202号 | 2013年12月26日 |
| 特定非営利活動法人志援会 | 長浜市南呉服町7番34-304号 | 2013年12月26日 |
| NPO法人消費者の味方 | 近江八幡市安土町常楽寺38番地22 | 2013年12月24日 |
| 特定非営利活動法人琵琶湖広場 | 大津市柳川一丁目4番20号ハイツルピナス203号 | 2013年12月27日 |
| 特定非営利活動法人ZOO | 栗東市野尻585番地901 | 2014年1月25日 |
| 特定非営利活動法人食育創造機構 | 大津市美崎町13番26号 | 2014年1月24日 |
| 特定非営利活動法人外国人支援文化交流協会 | 東浅井郡虎姫町大字唐国256番地 | 2014年2月4日 |
| 特定非営利活動法人日比友好協会 | 京都市山科区小山谷田町44-13 | 2014年2月14日 |
| 特定非営利活動法人ホタルと清流の里 | 米原市朝日47番地1 | 2014年2月14日 |
| 特定非営利活動法人さざなみ | 大津市和邇南浜233番地の1 | 2014年2月20日 |
| 特定非営利活動法人エンバイロプラントテック | 守山市立田町1449番地 | 2014年3月1日 |
| 特定非営利活動法人若浜会 | 長浜市長田町116番地26 | 2014年4月1日 |
| 特定非営利活動法人自由民主同和会 | 彦根市大東町7番22号シャンゼール1号館6階 | 2014年4月1日 |
| 特定非営利活動法人湖国美化推進協議会 | 大津市大石東七丁目612番地 | 2014年4月1日 |
| 特定非営利活動法人世界車椅子ソフト野球協会 | 湖南市若竹町1番地13号 | 2014年4月2日 |
| 特定非営利活動法人滋賀県車椅子ソフト野球協会 | 大津市柳ヶ崎51番地8 | 2014年4月2日 |
| 特定非営利活動法人楽友会 | 東近江市山上町448番地3 | 2014年4月3日 |
| 特定非営利活動法人元気っ子クラブ | 長浜市地福寺13番10号 | 2014年4月3日 |
| 特定非営利活動法人子育支援家庭保育室たいよう | 草津市東草津1丁目6番6号 | 2014年5月28日 |
| 特定非営利活動法人農環境と食健康を考える会 | 東近江市下羽田町470番地 | 2014年5月28日 |
| 特定非営利活動法人日本社会福祉保障協会 | 栗東市御園1101番地 | 2014年5月28日 |
| 特定非営利活動法人ハート・イン・コナン | 湖南市若竹町25番地1 | 2014年6月28日 |
| 特定非営利活動法人ワイズシップ | 彦根市高宮町806番地 | 2014年6月28日 |
| 特定非営利活動法人みどりの市民会議所 | 長浜市大戌亥町1213番地 | 2014年6月28日 |
| 特定非営利活動法人宗活支援機構 | 湖南市若竹町1番地13 | 2014年6月29日 |
| 特定非営利活動法人地域はッてん研究所 | 大津市本堅田一丁目29番7号 | 2014年9月2日 |
| 特定非営利活動法人U-siアーティスト・ネットワーク | 大津市衣川一丁目20番17号コーポ衣川3-2 | 2014年9月9日 |
| 特定非営利活動法人旅するおさかなサポーター | 長浜市湖北町尾上110番地4 | 2014年10月11日 |
| 特定非営利活動法人スタートライン | 長浜市朝日町38番10号 | 2014年10月28日 |
| 特定非営利活動法人プチとまと | 大津市比叡平一丁目15-19 | 2014年10月28日 |
| 特定非営利活動法人フィールドスローツーリズム | 東近江市百済寺甲町31番1 | 2014年10月28日 |
| 特定非営利活動法人安土 | 東近江市栗見新田町762番地 | 2015年2月21日 |
| 特定非営利活動法人びわこかるがもクラブ | 大津市錦織一丁目5番3号 | 2015年2月22日 |
| 特定非営利活動法人M＆Y | 大津市中庄一丁目19番12-207号 | 2015年8月25日 |
| 特定非営利活動法人うみのこ | 大津市におの浜二丁目2番3-109号 | 2015年8月25日 |
| 特定非営利活動法人Japan Cat Network | 彦根市稲枝町173番地 | 2015年9月7日 |
| 特定非営利活動法人世界芸術文化交流塾 | 長浜市三和町4番4号 | 2016年7月16日 |
| 特定非営利活動法人ベターライフ・トータルサポートさざなみ | 大津市浜大津大津四丁目1番1号明日都浜大津１階 | 2016年11月3日 |
| 特定非営利活動法人日本オーガニック推進機構 | 東近江市妹町1661番地 | 2016年11月22日 |
| 特定非営利活動法人すみれ保育園 | 大津市北大路一丁目15番3号 | 2017年1月5日 |
| 特定非営利活動法人清流の会 | 米原市枝折131番地1 | 2017年1月5日 |
| 特定非営利活動法人歴史的建造物保存・活用集団 | 東近江市ひばり丘町1番46号 | 2017年1月6日 |
| 特定非営利活動法人聖湖園 | 甲賀市水口町京町6番26号 | 2017年1月12日 |
| 特定非営利活動法人京津文化フォーラム82 | 大津市杉浦町３ー11 | 2017年6月22日 |
| 特定非営利活動法人健康な自然食を考える会 | 野洲市吉川2425番地 | 2017年6月22日 |
| 特定非営利活動法人Company Lion | 大津市下坂本四丁目21番20号 | 2017年11月30日 |
|
特定非営利活動法人BIWAKO未来21 |
東近江市宮川町244番574 |
2018年10月23日 |
|
特定非営利活動法人豊郷しあわせ会 |
犬上郡豊郷町大字八町652番地2 |
2018年10月25日 |
| 特定非営利活動法人YTOフォローアップ | 彦根市京町三丁目４番15号 | 2019年２月20日 |
| 特定非営利活動法人バードソングファーム | 草津市矢橋町1169番地の３ | 2019年３月４日 |
| 特定非営利活動法人SWING MARY | 草津市南草津三丁目２番４号 | 2019年３月22日 |
| 特定非営利活動法人吉澤体育振興会 | 東近江市八日市緑町17番11号 | 2019年4月17日 |
| 特定非営利活動法人みらいのふるさと | 栗東市大橋二丁目５番18‐102号 | 2020年４月１日 |
| 特定非営利活動法人FC.ALBASE | 大津市富士見台29番５号 | 2020年４月１日 |
| 特定非営利活動法人心の健康を守る会 | 大津市小関町５番28号 | 2020年４月８日 |
| 特定非営利活動法人びわこ・水ネット | 大津市打出浜３番37号 | 2021年３月27日 |
| 特定非営利活動法人湖北えぇもんづくり本舗 | 長浜市小谷上山田町632番地１ | 2021年３月27日 |
|
特定非営利活動法人めぐみの会 |
大津市御陵町５番17号 | 2021年３月27日 |
| 特定非営利活動法人プラスワン | 東近江市五箇荘竜田町669番地ディアコート202 | 2021年３月27日 |
| 特定非営利活動法人スリランカ国際親善協会 | 大津市柳が﨑９番15号 | 2022年７月１日 |
| 特定非営利活動法人大津市日中友好協会 | 大津市長等１丁目２番１号 | 2022年７月１日 |
| 特定非営利活動法人関西ラオス協会 | 大津市柳が﨑９番15号-301号 | 2022年７月１日 |
| 特定非営利活動法人あした塾 | 長浜市宮司町690番地 | 2022年11月16日 |
| 特定非営利活動法人びわこ青少年をサポートする会 | 大津市比叡辻１丁目22番19号ビラ比叡101 | 2022年11月18日 |
| 特定非営利活動法人レイカディア紫香楽 | 大津市若葉台29番37号 | 2022年11月16日 |
| 特定非営利活動法人浜大津子ども未来園 | 大津市中央２丁目２番20号 | 2022年11月30日 |
| 特定非営利活動法人交通事故110番 | 大津市仰木の里６丁目11番８号 | 2023年3月10日 |
| 特定非営利活動法人ヴォーリズ精神継承委員会 | 近江八幡市多賀町506番地１ | 2023年3月10日 |
| 特定非営利活動法人障害者の就労を支援する会 | 大津市別保一丁目８番20-308号 | 2023年３月11日 |
| 特定非営利活動法人滋賀県観光文化同友会 | 大津市馬場三丁目10番16号 | 2023年３月11日 |
| 特定非営利活動法人城郭遺産による街づくり協議会 | 大津市黒津３丁目12番３号 | 2023年3月10日 |
| 特定非営利活動法人NPO永源寺まちづくり振興会 | 東近江市永源寺高野町201番地 | 2023年3月17日 |
| 特定非営利活動法人エコワン | 米原市朝妻筑摩1318番地１ | 2023年3月20日 |
| 特定非営利活動法人コミュニティアートオコナイ | 栗東市下戸山1220番地 | 2023年４月３日 |
| 特定非営利活動法人市民活動淡海創美会 | 栗東市小野70番地70 | 2023年４月１日 |
| 特定非営利活動法人船岡の里 | 東近江市中小路町682番地1 | 2024年1月12日 |
| 特定非営利活動法人楽楽はうす五個荘 | 東近江市五個荘町七里町365番地 | 2024年1月12日 |
| 特定非営利活動法人マンション管理サポート倶楽部 | 大津市浜大津二丁目2番24号‐702 | 2024年1月12日 |
| 特定非営利活動法人康三会 | 彦根市中藪町634番地49 | 2024年1月12日 |
| 特定非営利活動法人高島倶楽部 | 高島市今津町名小路一丁目５番地４ | 2024年1月12日 |
| 特定非営利活動法人琵琶湖自然浄化プロジェクト | 守山市今浜町2620番地99琵琶湖アーバンリゾートＩ番館832号 | 2024年1月17日 |
| 特定非営利活動法人楽 | 大津市比叡平二丁目31番地１ | 2024年1月29日 |
| 特定非営利活動法人ワン・ドゥ | 大津市下阪本六丁目42番21号 | 2024年12月28日 |
| 特定非営利活動法人びわ卓 | 湖南市サイドタウン三丁目16番66号 | 2024年12月28日 |
| 特定非営利活動法人琵琶湖防災研究センター | 大津市粟津町２－64エルミナ石山ビル２F | 2025年１月８日 |
